公安局代持股权合同诈骗的立案程序如下：
一、报案。
公民、单位报案或举报经济犯罪，可以到当地派出所或直接到区公安分局经侦大队当面联系，或书面举报。
二、立案。
公安机关受理报案后，经审查，凡符合立案条件的，经公安机关负责人批准，予以立案，凡依法不追究刑事责任的，经县级以上公安机关的负责人批准，不予立案。
三、侦查。
已经批准立案的，立案单位应确定警力，及时展开侦查工作。
四、破案。
经过侦查，具备条件的，经县级以上公安机关负责人批准、经侦部门可以宣布破案，并制作呈请逮捕报告书移送本局预审大队审查起诉，追究犯罪责任人的刑事责任。
【法律依据】
《刑法》第二百二十四条，有下列情形之一，以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，骗取对方当事人财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产：
（一）以虚构的单位或者冒用他人名义签订合同的；
（二）以伪造、变造、作废的票据或者其他虚假的产权证明作担保的；
（三）没有实际履行能力，以先履行小额合同或者部分履行合同的方法，诱骗对方当事人继续签订和履行合同的；
（四）收受对方当事人给付的货物、货款、预付款或者担保财产后逃匿的；
（五）以其他方法骗取对方当事人财物的。
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