刑事案件法庭调查的主要程序包括： 1. **开庭审理**：审判长宣布开庭，核对当事人身份，宣布诉讼参与人和旁听人员到场情况。 2. **举证质证**：公诉人出示证据，辩护人进行质证。 3. **被告人陈述**：被告人对指控事实进行陈述和辩护。 4. **法庭调查**：法庭对证据进行调查，确认证据的合法性与真实性。 5. **被告人辩护**：辩护人就指控提出辩护意见。 6. **被告人最后陈述**：被告人对审判长的提问进行最后陈述。
依据《刑事诉讼法》第171条、第190条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》相关规定。
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