建设工程合同纠纷处理流程如下：
1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。
2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。
3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。
4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。
5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。
6、及时解决工程中的索赔问题。
7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。
8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。
【法律依据】
《民法典》第七百九十三条
建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
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