分居三年是可以申请离婚的，但是不能自动离婚。分居三年之后，如果双方都同意离婚，那可以去办理协议离婚手续。如果有一方不愿意离婚，那想离婚的一方可以去法院起诉离婚。
不过需要注意的是，最终是否会判离婚和分居三年并无关系，取决是否会离婚的要点是双方是否感情破裂。
《民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
原告向人民法院起诉离婚，人民法院作出立案受理决定时，同时通知原告预交诉讼费，最后人民法院依“原告预交，败诉方承担”的原则确定诉讼费的承担方和双方责任的大小各自承担的比例。如果诉讼费…
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