五座车超员两人的属于超过核载人数20%，没有达到50%的情况，处罚是，一次扣3分，处500元以上2000元以下的罚款，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
一、五座车超员两人的具体处罚规定：
1、扣分：《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十一条第（一）项，驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车、7座以上载客汽车以外的其他载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的，一次扣3分；
2、罚款：《道路交通安全法》第九十二条第一款规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下的罚款；超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下的罚款。由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
二、机动车载人应当遵守下列规定：
1、路载客汽车不得超过核定的载客人数，但按照规定免票的儿童除外，在载客人数已满的情况下，按照规定免票的儿童不得超过核定载客人数的10%；
2、汽车车厢不得载客。在城市道路上，货运机动车在留有安全位置的情况下，车厢内可以附载临时作业人员1人至5人；载物高度超过车厢栏板时，货物上不得载人；
3、托车后座不得乘坐未满12周岁的未成年人，轻便摩托车不得载人。
三、新交规，关于车辆超员的扣分标准如下：
1、驾驶公路客运汽车、校车、旅游客运汽车，超过核载人数20%以上，或者是驾驶其它类型的载客汽车，超过核载人数100%以上，一次扣12分。
2、驾驶7座以上载客汽车，超过核载人数的50%，没有达到100%，一次扣9分。
3、驾驶公路客运汽车、校车、旅游客运汽车，超载核载人数没有达到20%，驾驶7座以上载客汽车，超过核载人数20%，没有达到50%，或者是驾驶其它类型载客汽车，超过核载人数50%，没有达到100%，一次扣6分。
4、驾驶校车、旅游客运汽车、公路客运汽车、7座以上载客汽车之外，其它类型的载客汽车，超过核载人数20%，没有达到50%，一次扣3分。
【法律依据】
《道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下的罚款；超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下的罚款。
货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。
有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
+–《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十一条，机动车驾驶人有下列交通违法行为之一，一次记3分：
（一）驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车、7座以上载客汽车以外的其他载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的；
（二）驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的；
（三）驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的；
（四）驾驶机动车不按规定超车、让行，或者在高速公路、城市快速路以外的道路上逆行的；
（五）驾驶机动车遇前方机动车停车排队或者缓慢行驶时，借道超车或者占用对面车道、穿插等候车辆的；
（六）驾驶机动车有拨打、接听手持电话等妨碍安全驾驶的行为的；
（七）驾驶机动车行经人行横道不按规定减速、停车、避让行人的；
（八）驾驶机动车不按规定避让校车的；
（九）驾驶载货汽车载物超过最大允许总质量百分之三十以上未达到百分之五十的，或者违反规定载客的；
（十）驾驶不按规定安装机动车号牌的机动车上道路行驶的；
（十一）在道路上车辆发生故障、事故停车后，不按规定使用灯光或者设置警告标志的；
（十二）驾驶未按规定定期进行安全技术检验的公路客运汽车、旅游客运汽车、危险物品运输车辆上道路行驶的；
（十三）驾驶校车上道路行驶前，未对校车车况是否符合安全技术要求进行检查，或者驾驶存在安全隐患的校车上道路行驶的；
（十四）连续驾驶载货汽车超过4小时未停车休息或者停车休息时间少于20分钟的；
（十五）驾驶机动车在高速公路上行驶低于规定最低时速的。
